毒品調(diào)查科高級(jí)督察章文龍(吳卓羲 飾)和重案組高級(jí)督察汪國(guó)棟(黃宗澤 飾)分別收到情報(bào)有人在葵涌貨運(yùn)碼頭做違法交易。只不過(guò)章文龍他們收到的情報(bào)是毒品交易，而汪國(guó)棟的線人卻告訴他這次的交易不僅僅是毒品這么簡(jiǎn)單，涉及到軍火走私。章文龍的情報(bào)來(lái)自情報(bào)科，情報(bào)科高級(jí)督察丁浩然(馬國(guó)明 飾)向警務(wù)處處長(zhǎng)潘學(xué)榮(吳啟華 飾)匯報(bào)了此事，潘學(xué)榮下令讓章文龍帶隊(duì)去現(xiàn)場(chǎng)。

章文龍看到社團(tuán)聯(lián)義的毒梟文薩現(xiàn)身，知道他們?cè)诖辖灰?。而潘學(xué)榮通過(guò)監(jiān)控看到文薩他們用虛擬貨幣進(jìn)行毒品交易，立馬下令讓章文龍采取行動(dòng)。而汪國(guó)棟一直覺(jué)得這次毒品交易只是個(gè)幌子，大頭是軍火交易，但是他的線人給的情報(bào)不夠明確，他沒(méi)有足夠的證據(jù)說(shuō)服潘學(xué)榮。

潘學(xué)榮剛下達(dá)了抓捕命令，現(xiàn)場(chǎng)就傳來(lái)了爆炸聲，潘學(xué)榮只能調(diào)飛虎隊(duì)來(lái)支援。警匪雙方展開(kāi)了激烈地槍?xiě)?zhàn)。文薩趁著混亂開(kāi)著大貨車(chē)逃跑，章文龍立馬跟著緊追不舍。兩人在街頭上演生死時(shí)速。文薩費(fèi)盡辦法也沒(méi)能甩掉文龍，文薩的貨車(chē)在行駛過(guò)程中翻車(chē)，章文龍沒(méi)能剎住車(chē)撞了上去，文薩喪生。留在現(xiàn)場(chǎng)支援的飛虎隊(duì)在貨船上搜不到價(jià)值一千萬(wàn)的毒品，汪國(guó)棟越發(fā)肯定這次的交易并非毒品，而是他線人所說(shuō)的軍火，他向潘學(xué)榮申請(qǐng)繼續(xù)追查。潘學(xué)榮見(jiàn)證據(jù)不足，不愿讓同志們跟著冒險(xiǎn)，但汪國(guó)棟一再請(qǐng)求，潘學(xué)榮最終同意他在證據(jù)不足的情況追查此案。

汪國(guó)棟趕到碼頭阻止貨船離港，監(jiān)視不妙的外國(guó)人立馬開(kāi)槍?zhuān)霃?qiáng)行逃跑。汪國(guó)棟反應(yīng)敏捷，他開(kāi)槍打死對(duì)方，并打開(kāi)了貨柜檢查。這時(shí)從貨柜離掉出一枚導(dǎo)彈，汪國(guó)棟大驚失色，他冷靜下來(lái)后發(fā)現(xiàn)導(dǎo)彈被設(shè)置了定時(shí)炸彈，時(shí)間僅有十分鐘，一旦引爆導(dǎo)彈，破壞范圍可達(dá)到八公里。時(shí)間緊迫，已經(jīng)無(wú)法等待拆彈專(zhuān)家的支援，汪國(guó)棟向潘學(xué)榮請(qǐng)示，由自己來(lái)拆炸彈。汪國(guó)棟不顧危險(xiǎn)，在最后一個(gè)拆除引爆裝置，扔進(jìn)大海。

飛虎之雷霆極戰(zhàn)海報(bào)

潘學(xué)榮等人來(lái)到香港政府總部，向特首何惠英匯報(bào)案情，保安局局長(zhǎng)要求汪國(guó)棟透露線人的消息，來(lái)證實(shí)情報(bào)的可信度，但潘學(xué)榮深知線人的保密，拒絕透露。何惠英讓警局和安全局緊密合作，盡快破獲此案并安撫市民的情緒。

潘學(xué)榮等人在警局門(mén)口被記者團(tuán)團(tuán)圍住，他們拿出碼頭現(xiàn)場(chǎng)的照片向潘學(xué)榮追問(wèn)案情。飛虎隊(duì)總指揮駱家成(苗僑偉 飾)出面應(yīng)對(duì)牙尖嘴利的記者。

巖都裔的間諜凱爾帶走導(dǎo)彈程序出逃，他的妻女卻被法利群島的特工抓捕，逼他交出導(dǎo)彈程序。凱爾的妻子被殺害，他被迫和之前的合作方毀約，和法利群島的特工進(jìn)行交易，但他們的交易被香港警方破壞，他一時(shí)無(wú)法離開(kāi)，只能藏身于鬧市區(qū)。

交易失敗，法利群島的特工找到物流公司負(fù)責(zé)人，聯(lián)義的前任當(dāng)家人青華叔，拿著槍逼他交代凱爾的下落。青華叔的手下唐永飛(梁競(jìng)徽 飾)打發(fā)了特工，并從青華口中得知在灣仔的碼頭有一艘潛艇需要交易。

章文龍和汪國(guó)棟一同攔住丁浩然，逼問(wèn)他要情報(bào)，丁浩然卻以送女兒為由脫身。章文龍和汪國(guó)棟正式介紹對(duì)方，兩人都是警隊(duì)里的精英，頗有惺惺相惜之意。

飛虎隊(duì)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)演戲作戰(zhàn)，他們訓(xùn)練有數(shù)，營(yíng)救人質(zhì)動(dòng)作干凈利落。朱議員質(zhì)疑警方演習(xí)有作秀之嫌疑，駱家成據(jù)理力爭(zhēng)，向在場(chǎng)的人解釋警方進(jìn)行演習(xí)的用意，并擔(dān)保一定會(huì)保護(hù)市民的安全

潘學(xué)華和駱家華下班后去酒吧放松，潘學(xué)華正為聆訊的事煩憂，政府不愿插手國(guó)際糾紛，有些案件他們有心想查，卻被臨時(shí)叫停。他們空有一腔熱血，卻無(wú)用武之地。潘學(xué)華想盡快破了潛艇的案子，不愿再和以前一樣不了了之。駱家成建議將警隊(duì)各部門(mén)的精英聚集到一起，合力破案。潘學(xué)華有意讓駱家成負(fù)責(zé)帶隊(duì)。